Sinkt der Sauerstoffgehalt in Seen, beginnen sich Bakterien zu vermehren. Darunter bilden, die das starke Treibhausgas Methan produzieren. Ein erhöhter Sauerstoffverlust in Süßwasserseen bedeute, dass dadurch mehr Methan in die Atmosphäre freigesetzt wird. Außerdem setzten Sedimente unter sauerstoffarmen Bedingungen mehr Phosphor frei und fügen bereits beanspruchten Gewässern Nährstoffe hinzu.
Neben der Sauerstoffproblematik, wirken sich die hohen Wassertemperaturen in den Gewässern auch auf die zellulären und biochemischen Prozesse der Fische aus. Der gesamte Metabolismus der Fische ist betroffen. Das Wachstum und die Fruchtbarkeit wird beeinträchtigt, der Reproduktionserfolg wird gemindert und es steigt mit der Wassertemperatur auch die Generationszeit von Krankheitserregern. Die Tiere werden anfällig für Parasitenbefall und können sich nicht mehr ausreichend regenerieren.
